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Feb 07, 2024

Directed (Protein) Evolution

January 27, 2023

Dieser Artikel war nicht geplant. Ich bin zwar an einem Artikel über die Anfängerfehler im Protein Engineering, die beim Spike passiert sind (und das sind echt viele, da wird jemandem vom Fach kotzübel, ich muss da aber noch ein wenig aktuellere Literatur lesen, das schüttel ich nicht so aus dem Ärmel wie diesen Artikel). Das Thema

Ugurs grenzdebile Schwachsinnsideen im Protein Design

July 6, 2023

Ugurs grenzdebile Schwachsinnsideen im Protein Design

Ich behaupte nicht ein Experte in Proteindesign zu sein. Ich habe auf dem Gebiet „nur“ vor ca. 15 Jahren promoviert[i] und ein paar Buchkapitel zum Thema directed protein evolution geschrieben[ii] [iii] [iv]. Die Wissenschaft hat in dieser Zeit Fortschritte gemacht, sollte man zumindest meinen. Daher ist es umso erstaunlicher, dass man, basierend auf de…

Ugurs grenzdebile Schwachsinnsideen im Protein Design

July 16, 2023

Wenn man als Doktorand im Labor anfängt, muss man sich in sein Projekt erst einmal einlesen. Gewöhnlich nutzt man dazu zunächst einmal sogenannte Übersichtsartikel (Reviews), die einem, einen Überblick über das bereits vorhandene Wissen verschaffen. Man muss das Rad schließlich nicht neu erfinden, sondern Neues erforschen, und dazu muss man verstanden h…

Ugurs grenzdebile Schwachsinnsideen im Protein Design

July 17, 2023

Bevor wir in das eigentliche Problem einsteigen, muss ich ein wenig Proteinfaltungsgrundwissen vermitteln, damit der geneigte Leser versteht, was das Problem in diesem Kapitel ist. Proteinfaltung ist ein mittlerweile über 60 Jahre alter Forschungsbereich in der Biochemie. Seit über 60 Jahren versucht man also halbwegs zu verstehen, warum und wie Proteine…

Ugurs grenzdebile Schwachsinnsideen im Protein Design

July 18, 2023

Im ersten Teil haben wir gelernt, warum es keine gute Idee ist, Codons zu „optimieren“. Im zweiten Teil haben wir gelernt, warum man von dynamischen, großen Proteinen, deren Struktur und Funktionsmechanismus nicht kennt, die Finger lassen sollte. Im dritten Teil geht es um das hochgelobte Prolin-Schloss, das angeblich die Struktur des Spike Proteins stabi…

Ugurs grenzdebile Schwachsinnsideen im Protein Design

July 19, 2023

Eine der bekanntesten und klassischsten Formen der Propaganda oder Meinungsmanipulation ist die Methode der Auslassung oder verkürzten Erzählung. Man lügt nicht direkt, man lässt jedoch für die Meinungsbildung wichtige Informationen weg. Diese Methode der Manipulation wurde bei der Geschichte der Verwendung von N1-Methylpseudouridin angewandt.

Ugurs grenzdebile Schwachsinnsideen im Protein Design

July 20, 2023

Nachdem wir nun geklärt haben, welche Anfängerfehler von Ugur und seiner Crew gemacht wurden, ist es an der Zeit zu beschreiben, welche Analysen ich durchgeführt hätte, hätte ich noch Zugang zu meinem alten Labor und der entsprechenden Ausrüstung. Schön wäre es, wenn BioNTech/Pfizer diese Daten nachliefern würden und zwar als Rohdaten ohne digitale Bear…

Haben wir es teilweise vielleicht mit einer Ribosomopathie zu tun?

August 4, 2023

Haben wir es teilweise vielleicht mit einer Ribosomopathie zu tun?

Mit diesem Artikel versuche ich meine Gedanken zu sortieren. Wenn jemand Ideen hat oder Informationen, die ich nicht kenne, einfach kommentieren. Ich habe das Huaier Paper[1] bisher nur am Rande wahrgenommen, da ich kein Arzt bin und Behandlung nicht meine Baustelle war und ist. Ich habe nur zur Kenntnis genommen, dass dieser Pilz namens Huaier das Probl…

Ugurs grenzdebile Schwachsinnsideen im Protein Design

September 18, 2023

Da es sich bei diesem Artikel um die zweite Fortsetzung zu Teil 4 der Serie handelt, wird das Grundwissen der vorherigen Teile vorausgesetzt, auch wenn sich Einiges wiederholt. Am 21. Januar 2020 erschien ein interessantes Paper mit dem Titel „Eine Perspektive auf molekularer Ebene zur Häufigkeit, Verteilung und den Folgen von Veränderungen der mRNA“