Ich habe eine Anmerkung und eine Frage. Die Anmerkung ist: Menschen sind zäh.
Ich bin ungeimpft aber 96% meiner geimpften Familie lebt noch, es geht ihnen jetzt nicht allen unbedingt ausgesprochen sehr gut, die Tante ist der blendet bei bei dem einen oder anderen ist das Immunsystem beeinträchtigt und ständige fieberhafte Erkrankungen sind die Folge, wir hatten einen plötzlich und unerwarteten Todesfall, Herz-Kreislauf versagen, Tod zusammengebrochen, 14 Tage nach der Impfung mit BionPech, keiner kann sagen was jetzt noch kommt in der Zukunft.
Nachdem ich meine Biologiekenntnisse im Bereich Zellaufbau und Funktion aufgefrischt habe und hier und bei anderen zur Gen Manipulation mitgelesen habe und dennoch nur mit einer sehr kleinen Taschenlampe ins Dunkle leuchte, frage ich mich wir halten das Wissenschaftler aus? Dieses Wissen und das Wissen, um die Konsequenzen.
Mit viel Ironie und schwarzem Humor. Den schreibt man sich dann einfach von er Seele, wie man das in der Schule gelernt hat. Vom Kopf, über die Hand auf das Papier und schon hat man seinen Seelenfrieden. Der Substack ist somit vielleicht ein bischen Therapie und Probleme auf andere abwälzen. Insgesamt sehe ich das Problem entspannt, weder ich noch meine Familie sind betroffen. So gesehen, alles nicht mein Problem.
Ich werfe mal die Wörtchen "Post-translationale Modifikationen", "individuell-unterschiedliche Expression", "RNA-Regelungs-Kaskaden" (RNA kann mitunter selbst entscheiden, ob sie sich exprimieren lässt; bestimmende Faktoren gibts mannigfach; ggfs. wirkt sie aktivierend oder inhibierend auf irgendwelche Regelkreise, von deren Existenz man nach "aktuellem Kenntnisstand" (lol) noch nicht mal träumt), "Gen-Silencing" oder einfach nur "RNA-Ligase" ins Töpfchen. 2020 als der Hype einem überall vorne und hinten reingeschoben wurde, habe ich noch mit reverser Transkription (die Enzymmaschinerie dazu hat afaik jeder Zellkern) argumentiert.
Und wie schauts mit der Wirkung beliebig kurzer bzw. langer Peptid-Fragmente der Spikes aus? Sollbruchstellen drin?
Generell: Woher weiß ich, was alles in die RNA reinkodiert ist? Kann ja sein, dass da noch fröhlich andere Peptide exprimiert werden, die irgendwas machen: "Peptide-based inhibitor", "Müllerian inhibiting substance" (nur als Beispiel, was alles geht; ich sag nicht, dass das tatsächlich codiert ist).
Der Großteil der Mechanismen ist unbekannt. Und unbekannt, heißt eben unbekannt und nicht wünsch dir was.
Willkommen in der Empirie.
Du schreibst weiter vorne in der Reihe was von "Goldstandard Kristallstruktur". Das vergisst eine Klitzekleinigkeit: Das ist ne Festkörperstruktur. Proteine (and auch die meisten anderen Moleküle) "leben" aber in Lösung und haben da mitunter ganz andere Konformationen. Ohne Wasser faltet ein Protein teils völlig anders und es gibt nicht nur eine einzige Konformation, sondern mehrere, die ähnlich "energetisch" oder "thermodynamisch günstig" sind, je nachdem, wie die Umgebung ausschaut. Schmeiß das Protein doch mal in DMSO oder D2O und schau, wie es sich in diesem Solvens faltet. In ner Zelle hast du zwar Wasser als Lösemittel, aber in der Zelle geht es auch zu wie in der U-Bahn in Tokio. Will sagen: Da ist es gestopft voll: Andere Proteine, RNA, Wasser, organische und anorganische Ionen, Lipide, Aminosäuren und was da alles noch so rumsuppt bzw sich durchquetscht. Diese Umgebung kriegt niemand korrekt simuliert und berechnet. Erst recht nicht, weil das alles ja auch noch dynamisch ist. Deswegen sind Kristallstrukturen schön, um eine Verbindung zu charakterisieren und die Konnektivität (welches Atom hängt an welchem anderen Atom) nachzuweisen. Aber für Konformationen in Lösung, in Dynamik beweisen die GAR NIX. Ist wie ein Foto von einem sitzenden Pferd. Davon dann abzuleiten, dass es nicht rennen kann, wäre blödsinnig.
Das Problem der dynamischen Proteinstruktur habe ich in Teil 2 behandelt. Nicht alle Proteine sind dynamisch, besonders die kleinen sind da pflegeleicht. Wenn aber ein Protein dynamisch ist, lassen sich keine Kristalle züchten. Daher gibt es vom Spike keine Röntgenkristallstrukturen... Das hätte ein Warnsignal sein sollen. Von dynamischen Proteinen lässt man mal geflissentlich die Finger.
Was die RNA an angeht und deren Modifikationen habe ich das in Teil 4 angerissen.
Ich bewege mich auf der Proteinebene, weil ich da zu Hause bin. Die RNA/DNA Ebene ist eine weitere, problembehaftete Ebene, für die ich aber kein Experte bin, daher halte ich mich von ihr fern, weil Schuster bleib bei deinen Leisten. Es sind genug Leute fachfremd unterwegs, die Verwirrung stiften. Daher halte ich mich an meine alten Daten von vor 15 Jahren, da weiß ich, woran ich bin und da wurde schon genug Scheiße gebaut, dass ich mich um die anderen Ebenen gar nicht mehr kümmern muss.
Es gibt noch NMR Strukturaufklärung. Die hat ihre eigenen Probleme (unter anderem ist sie unterbestimmt), aber im Prinzip geht die auch bei dynamischen Molekülen. Was sehr kritisch sein kann ist die nötige Umgebung.
Spannende Analysen, vielen Dank für die Arbeit!! Ich habe ein paar Anmerkungen und Fragen:
1.) Ich habe vielleicht eine Antwort auf Frage 1: BioNTech/Pfizer beabsichtigten, in ihrer modRNA das U zu 100% durch m1Ψ zu ersetzen. Wie komme ich drauf? Die erste Abbildung in einem Blogbeitrag von Bert Hubert zeigt die ersten 500 Basen der modRNA-Sequenz:
2.) Das Spike-Protein wird ja erheblich durch N- und O-Glykosylierung posttranslational modifiziert, siehe z.B. https://www.nature.com/articles/s41392-021-00809-8. Ich glaube, das hat auch Auswirkungen auf die Proteinfaltung!? Geht Ugur in seinem Buch darauf ein? Könnte die 190 kDa-Bande im Pfizer-Westernblot in Teil 4 eine oder die glykosylierte Form des Spike-Proteins darstellen?
3.) Sind irgendwelche, eventuell gewebsspezifische (?) Chaperone an der korrekten Faltung beteiligt?
Die Frage ist, wieviel dUTP sind im zellfreien System noch vorhanden von E. Coli, aus dem es ja besteht. Weggefilter wurden die sicherlich nicht, auch wenn dm1ΨTP letztendlich zugesetzt wurde, bleiben immer Reste aus den verflüssigten E. Coli Leichen.
T7 mach noch andere unschöne Dinge wie dsRNA, damit wäre man im Bereich RNAi und Gene silencing. Dazu liegen aber noch keine Daten vor.
Ich habe eher gelesen, dass die zu großen Varianten durchgelesen sind und den Poly-A Schwanz mit verbaut haben. Da es dazu aber keine definitiven Daten gibt, kann man hier nur spekulieren und wird nie zu einem Ergebnis kommen. Ergebnisse liefert nur das Labor. Lebende Zellkulturen laufen draußen genug herum, die sich gerne Spike abernten lassen. Das müsste man nun im Labor untersuchen und analysieren mit den üblichen Methoden, die oben benannt sind.
Mit Glycosylierungen habe ich selbst keine Erfahrungen, ich komme aus der Prokaryotenfraktion, die machen das nicht. Schon da ist Protein Engineering tricky ohne diesen ganzen Mist wie Poly-A Schwänze und Glycosylierung. Wenn man es schon auf dem Niveau der Prokaryoten nicht im Griff hat, lässt man bei Eukaryoten einfach mal die Finger davon, wäre so meine unqualifizierte Meinung. Der Schritt von einzelligen Prokaryot zu mehrzelligen Eukaryot war ganz offensichtlich zu groß, weil es schon in Hefe fies sein kann. Die Hefe- Fraktion in der Uni hat richtig gelitten mit ihren Systemen und das sind nur Einzeller.
Chaperone sind noch nicht so wirklich gut erforscht. Die möglicherweise unterschiedliche Codon-Nutzung im Menschen ein weißer Fleck auf der Landkarte. Da ist praktisch nichts bekannt. Chaperone sind wohl zum Großteil nicht einmal identifiziert. Man kennt einige HSP (Heat Shok Proteine), aber es können noch viele andere Proteine existieren. Dafür waren damals, vor 20 Jahren die Omix- Ansätze gedacht, die aber zu aufwändig und noch zu konfus waren. So wirklich viel kam dabei nicht raus und die Systembiologie steckt auch noch in den Kinderschuhen.
Wenn man mal anfängt zu bohren, auch in Lehrbüchern, erkennt man, dass wir an der Oberfläche kratzen und das Unwissen hinter Allgemeinplätzen verstecken. Selbst viele Grundlegende Dinge der Zellbiologie sind noch nicht geklärt und verstanden. Nicht ansatzweise. Und da hat man reingepfuscht.
Den Effekt kennt man von Sprachlernern. Die Glauben, dass sich ab A2/B2 Niveau die Sprache perfekt beherrschen würden, aber ab C2 merken sie, wo sie noch immer große Lücken haben.
Ich habe eine Anmerkung und eine Frage. Die Anmerkung ist: Menschen sind zäh.
Ich bin ungeimpft aber 96% meiner geimpften Familie lebt noch, es geht ihnen jetzt nicht allen unbedingt ausgesprochen sehr gut, die Tante ist der blendet bei bei dem einen oder anderen ist das Immunsystem beeinträchtigt und ständige fieberhafte Erkrankungen sind die Folge, wir hatten einen plötzlich und unerwarteten Todesfall, Herz-Kreislauf versagen, Tod zusammengebrochen, 14 Tage nach der Impfung mit BionPech, keiner kann sagen was jetzt noch kommt in der Zukunft.
Nachdem ich meine Biologiekenntnisse im Bereich Zellaufbau und Funktion aufgefrischt habe und hier und bei anderen zur Gen Manipulation mitgelesen habe und dennoch nur mit einer sehr kleinen Taschenlampe ins Dunkle leuchte, frage ich mich wir halten das Wissenschaftler aus? Dieses Wissen und das Wissen, um die Konsequenzen.
Wie hält man diesen grenzdebienen Wahnsinn aus?
Mit viel Ironie und schwarzem Humor. Den schreibt man sich dann einfach von er Seele, wie man das in der Schule gelernt hat. Vom Kopf, über die Hand auf das Papier und schon hat man seinen Seelenfrieden. Der Substack ist somit vielleicht ein bischen Therapie und Probleme auf andere abwälzen. Insgesamt sehe ich das Problem entspannt, weder ich noch meine Familie sind betroffen. So gesehen, alles nicht mein Problem.
Ich werfe mal die Wörtchen "Post-translationale Modifikationen", "individuell-unterschiedliche Expression", "RNA-Regelungs-Kaskaden" (RNA kann mitunter selbst entscheiden, ob sie sich exprimieren lässt; bestimmende Faktoren gibts mannigfach; ggfs. wirkt sie aktivierend oder inhibierend auf irgendwelche Regelkreise, von deren Existenz man nach "aktuellem Kenntnisstand" (lol) noch nicht mal träumt), "Gen-Silencing" oder einfach nur "RNA-Ligase" ins Töpfchen. 2020 als der Hype einem überall vorne und hinten reingeschoben wurde, habe ich noch mit reverser Transkription (die Enzymmaschinerie dazu hat afaik jeder Zellkern) argumentiert.
Und wie schauts mit der Wirkung beliebig kurzer bzw. langer Peptid-Fragmente der Spikes aus? Sollbruchstellen drin?
Generell: Woher weiß ich, was alles in die RNA reinkodiert ist? Kann ja sein, dass da noch fröhlich andere Peptide exprimiert werden, die irgendwas machen: "Peptide-based inhibitor", "Müllerian inhibiting substance" (nur als Beispiel, was alles geht; ich sag nicht, dass das tatsächlich codiert ist).
Der Großteil der Mechanismen ist unbekannt. Und unbekannt, heißt eben unbekannt und nicht wünsch dir was.
Willkommen in der Empirie.
Du schreibst weiter vorne in der Reihe was von "Goldstandard Kristallstruktur". Das vergisst eine Klitzekleinigkeit: Das ist ne Festkörperstruktur. Proteine (and auch die meisten anderen Moleküle) "leben" aber in Lösung und haben da mitunter ganz andere Konformationen. Ohne Wasser faltet ein Protein teils völlig anders und es gibt nicht nur eine einzige Konformation, sondern mehrere, die ähnlich "energetisch" oder "thermodynamisch günstig" sind, je nachdem, wie die Umgebung ausschaut. Schmeiß das Protein doch mal in DMSO oder D2O und schau, wie es sich in diesem Solvens faltet. In ner Zelle hast du zwar Wasser als Lösemittel, aber in der Zelle geht es auch zu wie in der U-Bahn in Tokio. Will sagen: Da ist es gestopft voll: Andere Proteine, RNA, Wasser, organische und anorganische Ionen, Lipide, Aminosäuren und was da alles noch so rumsuppt bzw sich durchquetscht. Diese Umgebung kriegt niemand korrekt simuliert und berechnet. Erst recht nicht, weil das alles ja auch noch dynamisch ist. Deswegen sind Kristallstrukturen schön, um eine Verbindung zu charakterisieren und die Konnektivität (welches Atom hängt an welchem anderen Atom) nachzuweisen. Aber für Konformationen in Lösung, in Dynamik beweisen die GAR NIX. Ist wie ein Foto von einem sitzenden Pferd. Davon dann abzuleiten, dass es nicht rennen kann, wäre blödsinnig.
Das Problem der dynamischen Proteinstruktur habe ich in Teil 2 behandelt. Nicht alle Proteine sind dynamisch, besonders die kleinen sind da pflegeleicht. Wenn aber ein Protein dynamisch ist, lassen sich keine Kristalle züchten. Daher gibt es vom Spike keine Röntgenkristallstrukturen... Das hätte ein Warnsignal sein sollen. Von dynamischen Proteinen lässt man mal geflissentlich die Finger.
Was die RNA an angeht und deren Modifikationen habe ich das in Teil 4 angerissen.
Ich bewege mich auf der Proteinebene, weil ich da zu Hause bin. Die RNA/DNA Ebene ist eine weitere, problembehaftete Ebene, für die ich aber kein Experte bin, daher halte ich mich von ihr fern, weil Schuster bleib bei deinen Leisten. Es sind genug Leute fachfremd unterwegs, die Verwirrung stiften. Daher halte ich mich an meine alten Daten von vor 15 Jahren, da weiß ich, woran ich bin und da wurde schon genug Scheiße gebaut, dass ich mich um die anderen Ebenen gar nicht mehr kümmern muss.
Es gibt noch NMR Strukturaufklärung. Die hat ihre eigenen Probleme (unter anderem ist sie unterbestimmt), aber im Prinzip geht die auch bei dynamischen Molekülen. Was sehr kritisch sein kann ist die nötige Umgebung.
Spannende Analysen, vielen Dank für die Arbeit!! Ich habe ein paar Anmerkungen und Fragen:
1.) Ich habe vielleicht eine Antwort auf Frage 1: BioNTech/Pfizer beabsichtigten, in ihrer modRNA das U zu 100% durch m1Ψ zu ersetzen. Wie komme ich drauf? Die erste Abbildung in einem Blogbeitrag von Bert Hubert zeigt die ersten 500 Basen der modRNA-Sequenz:
https://berthub.eu/articles/posts/reverse-engineering-source-code-of-the-biontech-pfizer-vaccine/
Diese Abbildung stammt aus einer Datei namens "11889.doc". Diese Datei stammt von einer WHO-website und enthält die komplette modRNA-Sequenz.
Bert Hubert stellt seinen Beitrag in mehreren Sprachen zur Verfügung. In der englischen Version ist "11889.doc" als Datei auf seiner website verlinkt (https://berthub.eu/articles/11889.doc), in der deutschen Version (https://berthub.eu/articles/posts/german-reverse-engineering-source-code-of-the-biontech-pfizer-vaccine/) führt die Verlinkung von "11889.doc" zu einer WHO-website (https://mednet-communities.net/inn/db/media/docs/11889.doc). Dort wurde "11889.doc" mittlerweile gelöscht. Die Datei ist jedoch im Internet-Archiv zu finden: Hier die Version vom 11. Januar 2021: https://web.archive.org/web/20210110172535/https://mednet-communities.net/inn/db/media/docs/11889.doc
Es scheint, als würde im in vitro-T7-Transkriptionsmix UTP vollkommen durch m1ΨTP ersetzt worden sein!?
Bleibt die Frage, wie gut die T7-RNA-Polymerase diesen Austausch verkraftet!? Anscheinend ziemlich gut: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9335462/
2.) Das Spike-Protein wird ja erheblich durch N- und O-Glykosylierung posttranslational modifiziert, siehe z.B. https://www.nature.com/articles/s41392-021-00809-8. Ich glaube, das hat auch Auswirkungen auf die Proteinfaltung!? Geht Ugur in seinem Buch darauf ein? Könnte die 190 kDa-Bande im Pfizer-Westernblot in Teil 4 eine oder die glykosylierte Form des Spike-Proteins darstellen?
3.) Sind irgendwelche, eventuell gewebsspezifische (?) Chaperone an der korrekten Faltung beteiligt?
Die Frage ist, wieviel dUTP sind im zellfreien System noch vorhanden von E. Coli, aus dem es ja besteht. Weggefilter wurden die sicherlich nicht, auch wenn dm1ΨTP letztendlich zugesetzt wurde, bleiben immer Reste aus den verflüssigten E. Coli Leichen.
T7 mach noch andere unschöne Dinge wie dsRNA, damit wäre man im Bereich RNAi und Gene silencing. Dazu liegen aber noch keine Daten vor.
Ich habe eher gelesen, dass die zu großen Varianten durchgelesen sind und den Poly-A Schwanz mit verbaut haben. Da es dazu aber keine definitiven Daten gibt, kann man hier nur spekulieren und wird nie zu einem Ergebnis kommen. Ergebnisse liefert nur das Labor. Lebende Zellkulturen laufen draußen genug herum, die sich gerne Spike abernten lassen. Das müsste man nun im Labor untersuchen und analysieren mit den üblichen Methoden, die oben benannt sind.
Mit Glycosylierungen habe ich selbst keine Erfahrungen, ich komme aus der Prokaryotenfraktion, die machen das nicht. Schon da ist Protein Engineering tricky ohne diesen ganzen Mist wie Poly-A Schwänze und Glycosylierung. Wenn man es schon auf dem Niveau der Prokaryoten nicht im Griff hat, lässt man bei Eukaryoten einfach mal die Finger davon, wäre so meine unqualifizierte Meinung. Der Schritt von einzelligen Prokaryot zu mehrzelligen Eukaryot war ganz offensichtlich zu groß, weil es schon in Hefe fies sein kann. Die Hefe- Fraktion in der Uni hat richtig gelitten mit ihren Systemen und das sind nur Einzeller.
Chaperone sind noch nicht so wirklich gut erforscht. Die möglicherweise unterschiedliche Codon-Nutzung im Menschen ein weißer Fleck auf der Landkarte. Da ist praktisch nichts bekannt. Chaperone sind wohl zum Großteil nicht einmal identifiziert. Man kennt einige HSP (Heat Shok Proteine), aber es können noch viele andere Proteine existieren. Dafür waren damals, vor 20 Jahren die Omix- Ansätze gedacht, die aber zu aufwändig und noch zu konfus waren. So wirklich viel kam dabei nicht raus und die Systembiologie steckt auch noch in den Kinderschuhen.
Wenn man mal anfängt zu bohren, auch in Lehrbüchern, erkennt man, dass wir an der Oberfläche kratzen und das Unwissen hinter Allgemeinplätzen verstecken. Selbst viele Grundlegende Dinge der Zellbiologie sind noch nicht geklärt und verstanden. Nicht ansatzweise. Und da hat man reingepfuscht.
Den Effekt kennt man von Sprachlernern. Die Glauben, dass sich ab A2/B2 Niveau die Sprache perfekt beherrschen würden, aber ab C2 merken sie, wo sie noch immer große Lücken haben.